聚丙烯酰胺脫色劑的作用原理是通過化學鍵和電中和形成小絮體，要求脫色劑保持良好的溶解性，保證在水中快速擴散，并與廢水中的有機分子充分碰撞；同時要有合適的電荷密度，這就要求脫色劑的分子鏈不能太長，因為脫色劑是一種聚合物，反應時各種原料的反應狀態不同。通過控制溫度，脫色劑成品可以形成合適的分子量。分子量越大，說明脫色劑的分子鏈很長，會導致擴散速度和溶解度下降，特別是溫度較低時(5度以下)，會造成分層和泛白，影響使用。與此同時， 還會降低脫色劑的電荷密度，影響化學鍵合，降低其使用效果。分子量較小的話，分子鏈上的活性基團會比較少，影響化學鍵，減少與有機物碰撞的機會。形成的絮體很小，會在處理后的水中留下很多細小的懸浮物，影響出水水質。

陽離子聚酰胺主要用于絮凝帶負電的膠體，具有除濁、脫色、吸附和粘附的作用。適用于印染、造紙、食品、建筑、冶金、選礦、煤粉、油田、水產加工、發酵等有機膠體含量高的廢水處理，特別適用于城市污水、市政污泥、造紙污泥及其他工業污泥的脫水。

對于一些可溶性聚酰胺，離子化程度越大，離子化的離子越多，水解程度越弱。一般來說，電離度越高，水解度越弱。相反，電離度越低，水解度越大。

物質的溶解過程是溶質分子和溶劑分子相互滲透擴散的過程，因此溶質和溶劑分子的流動性是影響溶解時間的重要因素。因為溶質分子的尺寸比溶劑分子大得多，所以它們的擴散速率差別很大。溶解初期，只有水分子向聚酰胺單向擴散，聚酰胺分子無法向水的方向擴散，所以先溶脹是溶解的必要階段。

絮凝沉淀是顆粒在水中絮凝沉淀的過程。懸浮物的去除率不僅取決于沉淀速度，還取決于沉淀深度。在地表水、生活污水中的有機懸浮物和活性污泥中加入混凝劑后形成的礬花過程中會發生絮凝沉淀。

太小的絮體會影響排水速度，太大的絮體會限制更多的水分，降低餅干度。聚酰胺的分子量可以調節絮體的大小。